Η δίνη του Πολέμου, 1939-1945
Ο Δεύτερος Παγκόσμιος Πόλεμος ήταν ο καταλύτης που θα άλλαζε την παγιωμένη κατάσταση στο ζήτημα των Δωδεκανήσων, συμπαρασύροντας στη δίνη του σχέδια, ελπίδες και διπλωματία. Με την κήρυξη του πολέμου από την Ιταλία, πολλοί Δωδεκανήσιοι έσπευσαν να καταταγούν στο «Σύνταγμα Δωδεκανησίων Εθελοντών» που συγκρότησε ο Ελληνικός Στρατός, ενώ κι άλλοι πολεμούσαν με διάφορες μονάδες. Αλλά και μετά την ελληνική συνθηκολόγηση, οι Δωδεκανήσιοι θα συνέχιζαν στον τόπο τους την αντίσταση ενάντια σε Ιταλούς και Γερμανούς με επιδρομές, δολιοφθορές και κατασκοπεία.
Η αλλαγή στρατοπέδου της Ιταλίας, στις 8 Σεπτεμβρίου 1943, εδραίωσε την στρατηγική πεποίθηση της Μεγάλης Βρετανίας πως θα μπορούσε να χρησιμοποιήσει τα Δωδεκάνησα σαν εφαλτήριο για το άνοιγμα ενός νέου μετώπου στη Νοτιοανατολική Ευρώπη. Όμως, η ταχύτατη αντίδραση των γερμανικών δυνάμεων κατέδειξε την ανεδαφικότητα αυτού του βιαστικού εγχειρήματος. Οι επιτυχίες τους στις επιχειρήσεις στην Κω και τη Λέρο τους επέτρεψαν να καταλάβουν, μέχρι τα μέσα Νοεμβρίου, ολόκληρο το νησιωτικό σύμπλεγμα –πλην του Καστελόριζου. Η μεγάλη «Μάχη της Δωδεκανήσου» θα είναι και μια από τις τελευταίες νίκες της ναζιστικής Γερμανίας στον πόλεμο.
Παράλληλα με τον σκληρό αεροναυτικό και χερσαίο αγώνα, διαδραματιζόταν και μια υπόγεια διπλωματική διελκυστίνδα με τρόπαιο τη μελλοντική κατοχή των νησιών. Οι εξόριστες ελληνικές κυβερνήσεις έβλεπαν με αυξανόμενη ανησυχία και ενόχληση τη βρετανική διπλωματία να χρησιμοποιεί τα Δωδεκάνησα ως δέλεαρ για την προσέλκυση της Τουρκίας και την περαιτέρω πρόσδεση της αντιφασιστικής Ιταλίας στην πολεμική προσπάθεια. Οι ασαφείς υποσχέσεις για το μέλλον συνόδευαν τη σταθερή άρνηση του Στρατηγείου Μέσης Ανατολής να χρησιμοποιήσει τις διαθέσιμες ελληνικές δυνάμεις στο μέτωπο του Αιγαίου. Σε αυτές τις συνθήκες, η συμμετοχή και οι θυσίες του ελληνικού Πολεμικού Ναυτικού και, κυρίως, οι ασταμάτητες καταδρομικές επιχειρήσεις του Ιερού Λόχου, έως το τέλος του πολέμου, συνιστούσαν κρίσιμης σημασίας ηθική παρακαταθήκη για τη θωράκιση των μεταπολεμικών αξιώσεων της Ελλάδας στην περιοχή.
Η γερμανική κατοχή στα Δωδεκάνησα διήρκεσε έως το τέλος του πολέμου στην Ευρώπη, επτά τουλάχιστον μήνες περισσότερο απ’ όσο στην ηπειρωτική Ελλάδα. Η ιταλική πολιτική διοίκηση τυπικά διατηρήθηκε –υπό τον έλεγχο, βεβαίως, φασιστικών στοιχείων- αλλά στην πράξη η απόλυτη εξουσία είχε περιέλθει στη γερμανική στρατιωτική διοίκηση. Στις καταστροφές από τις μάχες και τους βομβαρδισμούς προστέθηκαν η πείνα και ο φόβος για τους εξαθλιωμένους κατοίκους. Η πλειονότητα της εβραϊκής κοινότητας οδηγήθηκε και εξοντώθηκε στα στρατόπεδα συγκέντρωσης. Όσοι από τους υπόλοιπους γηγενείς αντιστέκονταν, αντιμετώπιζαν τη βεβαιότητα της εκτέλεσης.